Vaupés es un departamento de Colombia, su capital es Mitú. Está ubicado al sureste del país, en la región Amazonía.
Junto con Guaviare y Guainía, formó el antiguo territorio del Gran Vaupés. La mayoría de sus habitantes son indígenas. El río Apaporis forma su frontera con los departamentos de Amazonas y Caquetá.
El actual territorio del departamento estaba habitado en la época precolombina por numerosos grupos indígenas, muchos de los cuales, gracias al hábitat selvático, sobreviven a los embates de la occidentalización; entre ellos, son los más numerosos los cubeos, desanos, guananos y tukanos, del grupo lingüístico Tukano.
Vaupés ocupa un sector de transición entre las llanuras secas de la Orinoquia al norte, y la selva húmeda amazónica al sur. Sus temperaturas oscilan entre 25 y 30 °C.
La belleza de sus paisajes naturales y la riqueza de fauna y flora ofrecen un cierto atractivo turístico, que incluye especies únicas de fauna y flora.
Al estar ubicado en la selva amazónica, el Vaupés carece de vías terrestres para su comunicación y sólo es posible llegar hasta su capital por vía fluvial (especialmente por el río Vaupés) o aérea.