Bahía Málaga es considerada como parte de los “Hot Spots” de la conservación de naturaleza a escala planetaria, es reconocida mundialmente por ser uno de los sitios de destino de la migración estacional de poblaciones de la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae), la cual arriba a sus aguas cálidas y calmadas para criar a sus ballenatos y con fines reproductivos, siendo el sitio más indicado en Colombia para el avistamiento de ballenas.
