La fuente más lejana del río Apaporis, el río Tunia (o Macayá), nace cerca de la localidad de San Vicente del Caguán, en el departamento de Caquetá. Forma después el Tunia el límite norte del Parque nacional natural Sierra de Chiribiquete que se extiende por el sur hasta el río Jari. Siendo aún límite del parque, en el punto en que confluye con el río Ajajú
En la localidad de Dos Ríos, nace nominalmente como tal el Apaporis. Tras dejar atrás el parque Chiribiquete, continúa aguas abajo como frontera natural, primero como límite entre los departamentos de Vaupés y Caquetá y después entre Vaupés y Amazonas. Pasa cerca de Buenos Aires de Lérida (donde recibe por la izquierda, llegando del norte, al río Cananarí, de 200 km).
Tiene numerosas cachiveras o cataratas (la más importante el Jirijirimo) que lo han mantenido históricamente a salvo de misioneros, caucheros, comerciantes y expedicionarios, conservando por ello sus selvas casi intactas. La región es un gran puente entre las selvas del río Caquetá y las del río Negro, de ahí su importancia ambiental y cultural.
Al igual que muchos ríos de la cuenca del Amazonas que nacen en áreas poco accidentadas, su curso es muy sinuoso, y lleva «aguas negras» (del color del té).
El territorio de este río está habitado, en su mayoría, por indígenas de los grupos étnicos macuna, tanimuca, letuama, cabiyari, yuhup y yauna y por su aislamiento en sus orillas hay algunas de las comunidades indígenas menos afectadas por la civilización occidental de todo Colombia.
